外界對於這次搜救大鵬航空飛機過程中，航機雷達定位與緊急定位發報器（ELT）顯示位置不同，質疑搜救有延誤。
民航局解釋，台灣本島高山橫亙，雷達掃描必有死角。雷達顯示大鵬飛機最後光點，是雷達掃描得到航機的最後位置，但飛機卻在雷達無法追蹤的區域中飛航，所以與發現航機的位置不同。
民航局形容，就像小朋友跑過操場司令台後方時，只能確認小朋友被司令台遮住的位置，小朋友在司令台後方跑跳的軌跡，無法確認。
至於民航局飛航服務總台提供的航管雷達所顯示的航機最後位置，與軍方提供的戰管雷達顯示位置不同。民航局說，是因飛航服務總台與軍方雷達架設的位置不同。
而ELT是飛機所必備的設備。民航局說，當ELT遭受過大的撞擊或是浸水時，就會自行發射406兆赫（MHZ）頻率電波，經由衛星輔助搜救系統接收並下傳至任務管制中心（MCC）解碼出飛機資料，經求證確認後直接把資料提供給國家搜救中心。
民航局說，ELT只發送航空器的註冊國、飛機註冊編號及所有人等相關資料，精確度是由衛星端的系統決定，受限接收到訊號的衛星數量，會有一定的誤差。所以這次搜尋失事大鵬飛機定位，MCC提供10組訊號較明確的經緯度資料，不是失事航機定位一變再變。