涉嫌非法入境 拘留那霸警署調查
登島的五名港人十六日先被押送到沖繩那霸市的警署，接受調查。他們身穿日方提供的一致服裝，戴著手銬，一上岸時就激動地高喊「釣魚島是中國領土」、「日本人滾出釣魚島」等口號，接受調查時也強調釣魚台是中國領土，日本逮捕他們才是違法，否認非法入境。至於包括兩名記者在內的其他九人雖未登島，但也被沖繩警方以涉嫌非法入境逮捕，十六日上午稍後也抵達那霸，拘留在警署接受調查。
依據日本法律規定，涉嫌非法入境者經警方調查後，若無其他違法行為，將在調查後四十八小時決定強制遣返或送交檢方。由於日本沖繩警方與海上保安廳十六日並未將他們移送檢察單位，因此可能在十七日將他們移交給入國管理局，由入管局強制驅逐出境。
日本海上保安廳透露，「啟豐二號」抗議船上的保釣成員曾向保安廳的巡邏船投擲磚頭和保特瓶，但無人受傷，巡邏船也沒有明顯毀損，因此很難依妨害公務罪或器物毀損罪追訴。沖繩縣警方也說，香港人士登島時只攜帶國旗，認定上屬示威的性質較強。
不過，日本官方如此的「冷處理」引起最大在野黨自民黨的不滿。自民黨聲明，抨擊野田內閣迄今的回應是無法守護主權的愚蠢行為，要求公布海上保安廳錄影畫面，證明巡邏船被扔磚頭，並控告保釣人士「妨害公務罪」，不要將他們強制遣返。
自民黨總裁谷垣禎一也要求野田內閣以堅決態度向中國抗議，並針對南韓及中國通盤檢討日本外交方向。執政黨民主黨、在野黨自民黨與公明黨並決定針對竹島（南韓稱獨島）與釣魚台問題，下週在國會通過譴責決議，表明日本國會的態度。
沿用04年前例 審訊結束立即遣返
據讀賣新聞報導，對於中國人登島，日本早有「避免出現死傷」，以及「逮捕後一、兩天驅逐出境」的指導方針。據了解，日本當局判定，這次事件與○四年小泉內閣時期七名中國人登島案件相同，因此決定沿用前例，在審訊結束後，將這十四人立即遣返，以避免事態惡化，影響中日關係。
在北京、廣州和上海等城市，十六日都有民眾示威聲援保釣人士，但除廣州的日本總領事館外聚集有數百人抗議外，北京和上海的日本使領館外都約僅數十人，過程也都還算和平。