台灣和中國大陸在2009年底簽署銀行業、保險業及證券及期貨業等金融3項MOU(備忘錄)，當時落款是以「台灣方面/金融監督管理機構代表 」及「大陸方面/銀行業監督管理機構代表 」形式簽署，避開了國與國的政治爭議。
至於這次貨幣清算機制的簽署，行政院長陳冲透露，用MOU的形式最恰當。學者也認為，台灣若堅持以「協定」簽署，反而會陷入政治糾葛，無法突破，若能以MOU的方式簽署，至少可以先往前邁進一步。政大金融系教授朱浩民說：『(原音)MOU只是雙方的諒解備忘錄，協定基本上就是默認兩邊主權承認的問題，之前簽的3個金融，也是MOU的方式簽。所以主權和政治問題可見雙方還是有歧見，但是實質內容最重要，我們簽的金融MOU對我們也很有幫助。』
至於目前傳出兩岸貨幣清算機制會「先企業、後個人」，學者也指出，法人對於匯兌、兩岸投資和金融操作的需求確實大於個人，若能先開放企業，對於兩岸的雙邊金融將有相當大的助益。