呂秀蓮的副總統辦公室透過律師發布新聞稿，強調司法還她清白，至表欣慰，但對於九十六年因朝野惡鬥，使她淪為政治鬥爭的司法祭品，無辜纏訟四年、幕僚因歷史共業遭波及，內心有無限的感嘆和歉憾。
本案原起訴十一人，扣除獲判免訴或無罪的呂秀蓮等五人，另六名幕僚因蒐集發票不實核銷，全判有罪。判決結果如同先前綠營執政時期五位部長特別費案、總統馬英九台北市長任內特別費案一樣，都是「首長過關，幕僚有罪」。
六名有罪幕僚均依使公務員登載不實的偽造文書罪判刑，包括前副總統呂秀蓮辦公室祕書蘇妍妃判刑一年，減刑為六月；隨扈盧孝民、青年工作團成員蔡素芳、科技諮詢委員聘兼人員連秋斐，各判刑四月，減刑為二月；游錫堃總統府祕書長任內辦公室承辦人賴淑芬、祕書劉建忻各判刑七月，減刑為三月十五日，六人均緩刑二年。
呂、游被訴詐領國務費貪汙部分，北院合議庭認為相關款項的核發，都是總統府會計處每月主動發放，年底才核銷，相關核銷程序，全是幕僚人員負責，二人並不知情。且長久以來會計部門因尊重國家正副元首及首長，國務費核銷採寬鬆形式審查，僅要求加總總額相當的統一發票或收據即可，檢察官沒有證據證明二人指示幕僚詐領，也沒有證據證明二人有將款項用於非公務用途。
合議庭還引用類似「大水庫理論」，認定檢察官雖起訴呂秀蓮詐取國務費二百七十一萬多元，但呂捐款、獎賞等因公支出共四百四十六萬元，支出大於所得。
游錫堃同樣捐款、獎賞等因公支出，大於所得十五萬多元。二人在罪證不足下，詐領國務費部分，應判決無罪。
