但包括民進黨立委陳明文、高志鵬在經濟委員會質詢農委會副主委胡興華時批評，查核團回國後，倉卒舉辦記者會，沒清楚向民眾解釋考察結果就說美牛安全，查核團好像成為美牛的「背書團」。
陳明文進一步質疑，查核團參觀的美國肉品協會是利益當事人，不可能提供實際情況，查核團卻前往該協會拜會，根本無法了解美牛問題。高志鵬也問，如果未來確定美牛查核結論是不安全的，是否應該禁止進口？胡興華則說，按照台美議定書處理。這回答讓高志鵬十分不滿，質疑馬政府根本不敢禁止美牛。
民進黨立委黃偉哲追問，查核團此次考察九個屠宰場，數量偏少，且行程匆忙，受限美方安排，考察結果讓人質疑。本年度有無可能再到美國考察，並與日、韓分工合作查察，共享資訊？胡興華說，不排除任何可能，未來開會檢討後，該做的就會去做。
宋華聰在國民黨團記者會指出，這次我國火速赴美實地查核，除瞭解美國官方狂牛症監測及肉品安全把關機制，也和美國消費者聯盟等民間機構交換意見，並前往飼料廠、養牛場、九家屠宰場、化製場等生產系統查核，以確保輸台牛肉是安全的。