根據文建會赴美勘查的報告，自由中國號的船體已經損壞、彎曲，甚至可能已經被後來加裝的新龍骨拉斷，部分水密艙版被拆除，以增加船內空間，隔艙板結構僅存部分；原只靠榫接的船體，部分結構也被釘上金屬釘補強。
自由中國號原停靠於碼頭，為了節省停靠費用，部分船艉遭到切除，前桅杆也遭到鋸斷，可能已經成為建材。原本米黃色的船體，被塗成藍綠相間，還被塗上龍麟與鯊魚牙，並被加裝引擎動力與螺旋槳、換上新的船舵，船體木材也因為長年離開水面，乾劣受損劣化。
在與舊金山海事博物館研商過程中，館方曾表示，全船已遭改造，僅前段三分之一保留較多原狀，恢復可能性較高。
自由中國號目前位於舊金山灣區貝梭島的一家私人船廠，附近陸路崎嶇，走水路則可能撞倒橋梁，無論要從水路或陸路拖運到奧克蘭港都有相當的難度，最後決定先從公路拉到河港，再用駁船走水運到奧克蘭港。
為了避免運送過程中解體，運送時必須要以特製的船架固定，將船的內外都以框架固定住，且陸運與船運的船架還不同，所以以十六輪卡車陸運到附近河港後，還要換船架轉河運，才能到奧克蘭港上貨輪，之後佔用約十二個貨櫃的空間返台。