交通部說，現在汽燃費是依汽車的排氣量徵收，相同排氣量的車輛無論用油多寡，都繳相同的汽燃費，無法反映使用道路情況，也未能落實使用者付費，更與節約能源精神相違背，汽燃費隨油徵收方向正確。
不過，交通部也表示，汽燃費隨油徵收納入能源稅處理，也就是從源頭就開徵，問題比較單純，如果是消費者端才隨油徵收，與政府有補貼的農漁業用油就會有很大價差，農漁用油更有誘因流到地下油行。
除了農漁用油問題外，交通部認為，汽燃費隨油徵收若未納入能源稅，對用油量較大的客運業或貨運業者來說，衝擊也會很大，客運票價可能因此跟著漲，貨運業因成本提高，運費也會調高，間接帶動民生物資也上漲。