阿公店溪全長約卅八公里，污染源包含螺絲廠、金屬工業、畜牧業及民生污水，其中下游阿公店橋到舊港橋污染嚴重，尤以阿公店橋為甚。
環保團體地球公民協會日前指出，阿公店溪流域允成工業區廢水排入阿公店溪及支流五甲尾溝與土庫排水，憂心工業廢水混入灌溉用水，污染五甲尾溝鄰近一百廿九甲農地及灣裡社區四十九甲農地。
高市環保局長李穆生說，為消除民眾疑慮，本月六日會同農業局及農田水利會現勘，五甲尾溝農地由阿公店水庫引水灌溉，灣裡社區則由阿公店溪上游引無污染水源灌溉農田，均無引工業廢水灌溉，另外水利會也定期每兩個月監測一次。
李穆生指出，環保署在阿公店溪設有五處監測站，根據監測資料，上游水質較佳，下游阿公店橋及舊港橋兩處監測站，則為嚴重污染。
李穆生強調，阿公店溪下游嚴重污染區，其污染源為A2及A3排水上游八家金屬工廠，已列為首波加強稽查對象，這八家工廠去年共稽查採樣八十七次，開罰七次。
阿公店溪污染問題，環保局擬定具體整治辦法，包括成立專案稽查小組、沿岸暗管追蹤及定位，並輔導清潔畜產再生綠能。
李穆生表示，工業廢水污染外，阿公店溪流域畜牧業七十二家，登記八萬頭豬，也輔導豬糞尿乾式收集再利用，以降低沖洗用水量及廢水量。