自然科考試時間是下午一點，牟宗燦表示，一點零九分有考生舉手反應試題缺頁，監考人員緊急將備用試卷拿出來給考生替換，並延長考試時間三分鐘。大考中心闈長楊宏章說，今年共有八十萬份考卷，試卷印刷好後，都會進行人工查驗，但難免會有漏掉，各分區也都有備用試卷以防臨時狀況。以前也有出現過十幾本試題缺頁的狀況，但不曾發生過這麼多份出現在同一試場。
在屏東考區屏東教育大學民生校區則發生舞弊。一名考生考英文科時拿出iPod touch進入考場偷查英文單字。監考人員發現後，當場沒收，並讓考生繼續考試。牟宗燦說，該名考生違反試場規則第八條第四項規定，該科將被加重扣分或零分計算。