馬英九總統成功連任，立法院也完成改選，內閣何時改組成為各界關心的焦點。馬總統日前曾表示，2月1日新國會上任及5月20日他第二任期開始時，都是內閣改組的時機。
行政院長吳敦義19日在行政院會中表示，由於立法院已經改選換屆，依規定及慣例內閣必須總辭，因此行政院將於1月31日、春節過後第二天，向立法院提出總辭案。行政院發言人楊永明轉述吳揆的說法：『(原音)總統及立委的選舉已經在1月14日完成，立法院已經完成改選換屆，院長指出，依照規定及慣例必須要提出總辭。行政院定於1月31日召開臨時院會，請人事行政局依照日前核可的計畫規劃辦理，提出總辭。』
至於內閣總辭後是否立即改組、由他人接任行政院長，或只是形式總辭，仍由吳內閣繼續看守到5月20日總統就職？楊永明表示，目前並未接獲相關訊息。
行政院長吳敦義日前曾指出，行政院長的任免權是總統的權責，內閣總辭後的相關安排必須尊重總統的權力。