行政院原子能委員會表示，繼原能會於97年對台電公司自行辦理核四工程變更設計，開罰 3件裁處書，共罰400萬元；98年12月至99年底台電公司二度違法自行辦理核四工程設計變更並施工，原能會以台電違反核子反應器設施管制法併處台電公司罰鍰1500萬元。
對此，李鴻洲接受電話訪問指出，其實去年(100年)10月，原能會曾要求台電公司前往說明台電自行辦理核四工程設計變更一事，原因與核四工程施工變更，事涉復工履約糾紛有關。
他說明，雖然原能會第一次開罰後，發包廠商奇異公司已歸隊，但第二次再發生履約糾紛，與奇異公司要求增加費用有關，因台電無法同意，又不能延宕工程，於是台電公司只能自己執行工程變更設計與施工。
對於原能會認為，台電自己是業主，原是審查奇異公司工程設計與執行結果的角色，卻變成施作者，有球員兼裁判問題，李鴻洲說，了解原能會一切依法行政，過去也曾兩度提出再次適用「設計修改暫行措施」，以作為解套，但這項措施已停止適用。
他並說，台電公司承認有作業瑕疵，但是台電公司自行辦理工程變更設計部份，並非關鍵技術，沒有涉及公共安全問題，以二級違規開罰1500萬元，太重了。
就此，原能會說明，開罰1500萬元的原因是累犯，不是因為涉及公共安全問題。
但就全案與核四工程變更，致業主台電公司與發包廠商奇異兩度發生履約糾紛與罷工事件有關，未來似無法全然免除發生同樣問題的可能。李鴻洲說，奇異公司去年10月以前已歸隊，只能彼此約束，儘量不要再發生這類事件。1010116