由於台灣漁船與日本及菲國水域交接處作業，一直以來會發生爭端，多與捕鮪魚有關。不過，台灣區遠洋鮪延繩釣漁船魚類輸出業同業公會表示，他們多是到遠洋公海作業，與菲國水域交接發生爭端的漁船，以屏東縣東港區漁會為主。
林清崇受訪時表示，他還不知道已經簽署，若已經簽署是好事，有事發生就能處理，「不要動就開槍、關人」，「簽署了，很好！」
林清崇也說，3、4月到5、6月間，台灣比較多漁船到台菲間水域作業，颱風期間就結束了。
農委會主委陳保基上午接受電話訪問證實，「台菲漁業執法合作協定」已簽署約 3週了，在亞太經濟合作會議（APEC）經濟領袖閉門會議期間，為免南海事端添擾，故未對外公開，近期外交部將擇期對外公布。
陳保基並說，已簽署的內容與原本協商多時的內容一致，簽署地點在國內，重點有三，包括發生爭議案件時，快速通知對方。不使用武力解決爭端。以及有爭端時，儘速透過雙邊窗口處理，以利釋放漁業從業人員。