根據檢方起訴書指出，顧懷祐、顧大義涉嫌於擔任兩校董事長期間，在民國93年8月起長期以學校定存單向銀行質借方式，將大筆公款挪為私用，每次金額從數十萬元到上千萬元不等。
檢方調查指出，公款除來自學生繳交的學雜費外，還有教育部推廣私校教育的補助款；承辦檢察官在起訴書中鉅細靡遺列出定存單質借明細，兩人至去年間共挪用定存約1500多筆，總金額高達156億多元。
檢方查出，兩人質借後有回存資金，未掏空校產，但仍觸犯刑法業務侵占罪，並違反私立學校法規範；檢方認為兩人身為私立學校負責人，卻以不法方式將專款私用，罔顧學生權益，因此各求處有期徒刑7年。