對於外界質疑兩岸服貿協議與加入跨太平洋戰略經濟夥伴協議(TPP)無關，經濟部指出，根據過去的經驗，2008年5月兩岸關係改善以前，台灣只和4個邦交國簽署自由貿易協定(FTA)，僅佔所有貿易總額的0.12%；兩岸簽署經濟合作架構協議(ECFA)後，台灣才順利與新加坡、紐西蘭洽簽FTA。
此外，經濟部指出，台灣若要加入TPP，必須獲得全部12個會員國的同意，其中6個是大陸的第一大貿易夥伴、另有5個是大陸的第二大貿易夥伴，倘若服貿協議不通過，對台灣加入區域經濟整合有負面影響。
對於民進黨要求逐條審查甚至修改兩岸服貿協議的條文，經濟部次長卓士昭表示此舉將讓協議失效，對台灣是不可負荷之重。他說：『(原音)如果說對不起，當初我說要給你的我要收回來，那他也說我當初給你的我要收回來，這是不可以的，不可以這樣做的，如果這樣做，整個協議就失效了，我們要重啟談判了，坦白講，這對我們國家是不可負荷之重。』
卓士昭也強調，全世界幾乎只有美國敢修改協議條約，但當時美韓FTA是因為美國希望開放更多才修改，不像兩岸服貿協議是要求縮小開放幅度。