針對113年12月20日立法院第11屆第2會期第14次會議決議修正通過「憲法訴訟法」第4條、第30條及第95條條文，考量修正條文有窒礙難行之處，行政院會今（2）日通過覆議案，將依「憲法增修條文」第3條第2項第2款規定，呈請總統核可後，移請立法院覆議。總統府發言人郭雅慧表示，行政院於今（2）日呈報總統，對於立法院三讀通過《憲法訴訟法》修正條文，認有窒礙難行之處，擬依《憲法增修條文》規定，移請立法院覆議，總統已經核可，並在今日回復行政院。
行政院長卓榮泰表示，本案經研議後，「憲法訴訟法」修正條文第30條第2項至第6項規定，以立法凌駕司法，以不合理門檻對憲法法庭運作造成實質影響、違反司法院大法官憲法忠誠義務，嚴重影響人民及機關尋求救濟或解決憲法爭議的權利，對我國憲政秩序造成危害。
卓院長指出，「憲法訴訟法」修正條文第4條第3項規定，對總統提名大法官後立法院行使同意權的期限並未規定，無助於維持憲法法庭穩定運作，欠缺規範實益。另外，「憲法訴訟法」修正條文第95條規定，使現任大法官無法行使憲法上職權，癱瘓憲法法庭運作，且因欠缺過渡條款設計，致令原已繫屬憲法法庭的案件無以妥善處理等窒礙難行之處，將依「憲法增修條文」第3條第2項第2款規定提出覆議。
卓院長表示，我國憲法就政府體制採五權分立的五院體制，憲法機關權力行使不能違反權力分立與制衡原則，亦不得侵害其他憲法機關的權力核心範圍，或對其他憲法機關權力的行使造成實質妨礙。因此，立法對大法官行使職權的方式不得過度干預或造成實質妨礙，否則即侵害司法權行使的權力核心範圍，違反權力分立與制衡原則。
卓院長強調，行政院作為國家最高行政機關，有責任捍衛憲政秩序，並守護人民的基本權利。本次透過覆議，希望透過憲政運作過程，請立法院再次審議法案內容，找出符合憲政與國家利益的最大共識，並妥適回應公民社會與各界訴求，以維護憲政體制健全運作。
總統府發言人郭雅慧強調，總統認為憲法法庭審判權的行使，不僅攸關國家憲政秩序維護，更與人民基本權利保障息息相關。由於本案修正條文實存有高度憲政爭議，期盼能透過憲法所定之機制，讓立法院朝野政黨，有機會再次檢視法案內容，期盼能夠透過理性溝通與協商，尋求妥適共識。