颱風珊珊29日登陸日本鹿兒島縣，截至30日清晨7點，已知釀成4死、94傷、1失蹤，也為九州各地帶來破紀錄豪雨。截至29日下午6時，72小時降雨量最高值出現在大分縣佐伯市劍崎，高達597毫米。大分縣、靜岡縣共5處創當地觀測史上降雨量最高紀錄。
日本氣象廳對鹿兒島縣和宮崎縣發布大雨特別警報，並警告宮崎縣、鹿兒島縣、熊本縣、愛媛縣和靜岡縣部分地區山崩機率很高。
受颱風影響，日本交通大亂。九州新幹線全線停駛，西九州新幹線全天停駛。東海道新幹線與山陽新幹線部分區間減速行駛，可能停駛。日本航空取消265個航班，全日本空輸取消173個航班，其他航空公司也紛紛取消部分航班。
颱風珊珊在登陸後威力逐漸減弱，但仍以緩慢速度向北移動。預計30日將橫掃九州，朝東前進。日本氣象廳預估，未來24小時內，四國地區降雨量可達400毫米，東海地區及九州北部300毫米。氣象廳呼籲民眾嚴防暴風、土石災害、低窪地區浸水與河川氾濫等災害。
颱風珊珊預計將在8月30日至31日間登陸四國地方，9月1日再登陸本州島和歌山縣，之後一路北上，縱貫近畿、關東及東北地方，最後於9月3日進入太平洋。日本氣象廳提醒，西日本與東日本除了大雨外，也將颳強風，民眾務必保持高度警戒。