(中央社訊息服務20240528 10:52:29)針對營業稅退稅之申請案件，國稅局實務上常以營業稅申報案件已屬「核課確定案件」而否准其申請，勤業眾信聯合會計師事務所資深會計師袁金蘭表示，所謂「核課確定案件」之定義，參照稅捐稽徵法第34條規定，係指下列四情形之一者：
1. 經稅捐稽徵機關核定之案件，納稅義務人未依法申請復查。
2. 經復查決定，納稅義務人未依法提起訴願。
3. 經訴願決定，納稅義務人未依法提起行政訴訟。 4. 經行政訴訟終局裁判確定。
有關營業稅申報之核定，明定於「加值型」及「非加值型營業稅法」（以下簡稱營業稅法）第42條之1，即稅捐稽徵機關收到營業稅申報書後，應於規定申報期限屆滿之次日起六個月內，核定其銷售額、應納或溢付營業稅額，又考量徵納雙方成本，對於無應補繳稅額或無應退稅額者，稅捐稽徵機關得以公告方式，載明按營業人申報資料核定，代替核定稅額通知文書之送達，準此，現行實務係五區國稅局於規定核定期限前，將核定稅額公告發布於財政部稅務入口網。
@留意規範時間，避免損害退稅權益
袁金蘭進一步說明，營業稅申報案件一經公告核定，且納稅義務人未於法定期限內提請復查、訴願或行政訴訟等行政救濟程序，即為核課確定案件。此後，若納稅義務人擬依稅捐稽徵法第28條申請錯誤溢繳之退稅，主張得自繳納之日起十年內提出具體證明申請退還溢繳稅款，恐遭否准。
舉例說明，兼營營業人之營業稅申報案件，可自行選擇採用「比例扣抵法」或「直接扣抵法」，若兼營營業人符合相關規定，帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得採用「直接扣抵法」，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額，故「直接扣抵法」相較於「比例扣抵法」，較符合兼營營業人之經濟實質，而實務上申請改採直接扣抵法者，多併同溢納稅額之退稅申請。然而，依財政部95年12月21日台財稅字第09504563401號函釋規定，營業人改採直接扣抵法計算調整營業稅額者，應以「未核課確定」之各年度案件為限，故兼營營業人申報營業稅原採「比例扣抵法」調整稅額者，須於該期營業稅核課確定前，始可改採「直接扣抵法」調整當期稅額。
@十年或六個月？稅捐稽徵機關以營業稅申報案件已核課確定而否准退稅申請是否適法
按「因適用法令、認定事實、計算或其他原因之錯誤，致溢繳稅款者，納稅義務人得自繳納之日起十年內提出具體證明，申請退還」及「110年11月30日修正之本條文施行時，因修正施行前第1項事由致溢繳稅款，尚未逾5年之申請退還期間者，適用修正施行後之第1項本文規定。」分別為稅捐稽徵法第28條第1項及第4項所明定。
次按「財政部依本法或稅法所發布之解釋函令，對於據以申請之案件發生效力。但有利於納稅義務人者，對於尚未核課確定之案件適用之。」為稅捐稽徵法第1條之1所明定。故實務上，若擬申請退稅之案件涉及新發布之解釋函令，且已屬「核課確定」，稅捐機關多引用稅捐稽徵法第1條之1，否准其退稅申請。
@最高行政法院111年度上字第960號判決
稅捐稽徵法第28條的訂定本意是保障納稅義務人之權利，讓納稅義務人與稅捐稽徵機關有相對應之權利退還溢繳稅款，並未限制確定之案件即不得申請，且有關營業稅退稅案件之爭訟，近期實務上行政法院判決可觀察到個案判決意旨肯認「核課確定」非退稅准否之關鍵，而應回歸系爭案件本身是否有自行適用法令錯誤作為退稅請求權發生之事實要件，且新發布之解釋函令若無變更已發布解釋函令之法令見解，則自法規生效之日起有其適用，摘錄如下:
稅捐稽徵機關在租稅法律主義之要求下，本應正確適用營業稅法之規定課稅。又，行政法院不受行政機關解釋函令之拘束，行政法院本得基於對法律之確信，表達適當之法律見解，並非可因財政部107年10月3日令無從適用於102年9月至106年12月間已確定之營業稅案件，即直接推導認為上訴人102年9月至106年12月間申報繳納營業稅並無適用法令錯誤。
@最高行政法院111年度上字第486號判決
財政部就行政法規所為釋示而發之解釋函令，若無變更已發布解釋函令之法令見解之情，則應依司法院釋字第287號解釋意旨，自法規生效之日起有其適用。
袁金蘭提醒，雖國稅局實務上常以營業稅申報案件已屬「核課確定案件」而否准其退稅申請，然納稅義務人仍應有機會主張稅捐稽徵法第28條之退稅請求權，若與稅捐徵稽徵機關有相關爭議，建議可尋求法律及稅務專家之協助，進一步評估個案案情。