水利署近年來整治花蓮河川方式，主要以自然工法實踐生態治水，並整合各單位工程，避免中央、地方重疊工程浪費經費，經過一年的觀察，除了節省許多預算外，許多野生動物已回到棲地。 這裡是花蓮木瓜溪，位在吉安鄉的初英、華隆段，水利署興建庇護池後，經過一年的觀察，生態已漸漸恢復。 在地居民：「因為我們這裡這個生態園區，我們是預計要一個活動區啦，這裡要做教育區，另外那邊，我們要做一個生態園區。」 根據觀察，路上的一些已漸漸看不到的野生動物，包括麝香貓、食蟹獴、山羌等，都慢慢回到棲地，尤其是一些，早期受到斷水影響而消失的魚蝦，現在也陸續出現。 水利署第九河分署長 王國樑：「指標像說菊池氏細鯽的部分，像是日本禿頭鯊等等，我想這部分，隨著環境保護的部分，可以感覺發現說，那現在好像有逐漸增加趨勢啦。」 除了生態恢復，避免浪費資源也是整治河川的重點，所以水利署開始與林保署、水保署，或是縣府單位成立溝通平台，檢視整合工程計畫，有效節省超過一半以上經費。 水利署第九河分署長 王國樑：「如果說大家透過一些平台會議的溝通，知道說這些點，有哪幾個單位，會有一些經費的挹注，那大家能夠透過，協調合作方式，那很多東西，就能夠錢能花在刀口上。」 除了木瓜溪，九河分署也在受到颱風摧毀，需重建的豐南堤，以綠色工法進行整治，有效兼顧防洪安全與生態維護，成為民眾，與各機關學校戶外教學觀摩的教室。