每一趟質子治療的完整療程，都需要經過多次重複性地依治療計畫給予劑量，且時常耗費數周以上的時間。因此，如何確保每次照射時都能準確，就需要仰賴「三維導航」協助，而這也是決定質子治療品質優劣的重要關鍵之一。
要確保照射準確，有幾個臨床治療上的重點，其中一個就是確保病患每天躺在治療床的位置和姿勢是相同的，這部分也就是我們在質子治療流程時所提到的「固定性與再現性」，如此一來，才能確定每次照射時，質子能打在體內正確的位置。換句話說，導航目的就是要確保「當次治療的姿勢與狀態」與「預定要治療的姿勢與狀態」相吻合。
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質子治療導航如何進行？
病患在每次治療前進行擺位時，都會有醫事放射師在現場進行操作，確認所使用的輔具、身上必要的醫療配件與姿勢等等，只要是肉眼可以看到的，都能直接進行確認。因此，每次治療時需要仰賴導航系統的，主要就會在肉眼無法看到的部份。目前國際間的質子治療單位，主要都是仰賴拍攝X光，來看肉眼所看不到的部位，藉以輔助臨床醫師確認照設姿態是否正確。
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三維導航與傳統導航有什麼差別？
傳統導航所拍攝的X光片，就如同在身體檢查時所拍攝的肺部X光片一樣，是二維平面的影像，優點是取像速度快，又能透過電腦輔助，來判讀肉眼不能看見的骨骼位置，協助確認治療擺位是否準確。但，傳統二維導航的限制，在於屬於平面影像而非立體結構，無法做到細部位的判讀。
此外，對於質子治療這類有精準射程距離的放射線來說，二維導航對三度空間位置的確認也沒辦法落實。而三維導航，使用的就是類似電腦斷層的立體影像，在每次治療前確認治療部位的三度空間位置，讓精準的治療更佳精準。如果要用比較生活化的概念來描述，就簡單想像開車時用二維的導航，開飛機時需要三維導航一樣，才會有三度空間的精準資訊。
三維導航該注意什麼？
三維導航質子治療的設備和觀念，近幾年越來越受到國際間的重視，且以筆者的專業角度來看，也是必須發展的。因此，我們單位從多年前開始收治第1位質子治療患者之前，就已經擬定好單位內部的流程，在每次治療之前都以三維導航來進行病患三度空間位置的確認，而後才進行治療。如果在導航過程中發現有需要調整的，就能在團隊溝通後立即進行，確保治療的準確度。
由於三維導航是在病患進行質子照射前就要進行，因此每次治療時會需要多大約3～5分鐘的時間；另外，如果導航發現有需要調整的部分，則又會需要額外調整的時間。所以，相比於不進行三維導航來說，整體治療時間會稍稍延長。但這一點點的時間所換得的品質，我們相信絕對是值得的，畢竟，治療是不能重來的。
附帶一提，由於我們三維導航流程在國際間的獨特性，再加上單位多年來累積數萬人次的臨床經驗，筆者於去年獲邀在美國所舉行的國際粒子治療大會上，以高雄長庚三維導航經驗為主題進行演講，除了使我們單位高品質的質子治療得到國際專家認同之外，更進一步將我們的經驗分享給全世界，在全球質子治療和粒子治療的發展與提升上，貢獻台灣的一份心力。