民進黨真的很愛「小英男孩」林智堅，從論文抄襲案發生以來，動員全黨力量在護林智堅，就連被台大認證是抄襲，學位被撤銷，還要動用公私資源護短，包括上到法院時，其恩師陳明通拿出資料辯解，反咬林智堅才是被抄襲，這句話傳出後，已成大笑話。學界笑:「林智堅寫的出論文嗎?要證明論文自己寫，建議林智堅可以公開解說論文的整個內容，包括研究過程與結果等，若是自己做的研究肯定通盤了解，無須躲在國家機器與恩師背後，一句話都說不出來，這種情況還稱是論文被抄襲，太可笑了！」 林智堅的論文抄襲案已進入司法，針對當初余正煌把論文初稿寄給陳明通時，刪除引註部分，所以陳寄給林智堅時，或許林智堅抄的時候沒有注意，才沒發現引註問題，可證林智堅抄襲事實非常明顯。對此，陳明通認為，「此等言論顯然與事實不符」。 陳明通發出聲明指出，他於105年1月5日以電子郵件寄送論文寫作底稿及格式給余正煌參考，檢視余正煌最近向法院所提證據：當年1月28日的論文進度，他發現在論文最核心的研究設計部分根本毫無進度，仍停留在1月5日，他交付余正煌的論文寫作底稿階段。 但同年2月1日林智堅的研究計畫，在他的指導下已完成雛形，從1月28日到2月1日，仍屬這個領域初學者的余正煌不可能在短短兩三天完成研究設計寫作，更沒有交付或email給他其論文最新進度，他更無從、無理由將余正煌的檔案寄給林智堅，「所謂林智堅抄襲余正煌論文完全不是事實」。 陳明通說，同年2月中旬余正煌來找他，他把2月1日林智堅已完成雛形的論文計畫給余正煌參考（以拷在余正煌所提供的寫作進度上），事後從余正煌同年3月8日寄給他的研究計畫，以及最後的論文，在研究設計這一部分絕大部分皆來自林智堅2月1日的內容，只是余正煌增加一點文獻檢討，並引註，「這是因為本人鼓勵余正煌先生進一步發揮的結果」。 陳明通表示，研究生寄送論文電子檔給論文指導教授、或師長時，為求論述正確性及確認依據，依常理應寄送完整論文電子檔，但余正煌委任律師提及余正煌會先自行刪除引註，卻完全未見其有任何舉證以實其說，不僅難以理解，更與一般經驗與論理法則相悖。 對於陳明通的聲明，調查官余正煌的律師團指出，余正煌的碩士論文均為自行撰寫完成，不存在任何部分抄襲前新竹市長林智堅的情形，反駁國安局長陳明通稍早的聲明。聲明表示，陳明通聲明稿指稱只是余正煌增加一點文獻檢討並引註，純屬無稽。寫過文章及論文者都知道，一篇沒有任何註釋的文章是不可能知悉該段文宇的出處，更不可能大海撈針把引用文章找出來，這是常識問題，不懂身為一個教授且貴為國安局長的人，竟然提出此種看法。 律師團認為，陳明通為本案利害關係人，更事涉自身退休前擔任台大教職的正當性，應尊重台大內部調查，並靜候法院審理釐清，不應為袒護林智堅，一再發聲明稿、透過媒體放話，有失身為人師應有的風範格調。 聲明更指出，陳明通身為國安局長，在國際情勢動盪、兩岸情勢不穩情況下，卻以私害公，為了林智堅的論文，傾全力對付余正煌，恐與國安局長重責大任有違。 此外，調查官余正煌在臉書發文指，「黨，聯合公司要攻我嗎？沒關係，我不會更差了，要戰就來」，文章一出引起聯想，恐遭到秋後算帳。立委王鴻薇表示，司法部分留給司法處理，確實余正煌發言耐人尋味，調查局是否配合民進黨整肅余？「黨，聯合公司要攻我嗎」，引發外界聯想。若動用國家機器，真的是不可原諒。