衛生福利部已公告並全面施行食品含基因改造食品原料之標示相關規定，凡使用基因改造食品原料，即應明確標示「基因改造」等字樣，另業者倘使用「非」基因改造食品原料，得標示「非基因改造」等字樣，惟因非故意且無法預防之因素（如：採收、儲運等），而攙雜到基因改造食品原料，我國目前訂有非故意攙雜率3％，若超過3%即視為基因改造食品原料，則須標示「基因改造」等字樣。
為落實基因改造食品之原料追溯追蹤制度及確保基因改造食品標示之符合性，高雄市政府與衛生福利部食品藥物管理署南區管理中心共同執行「106年基因改造食品稽查專案計畫」，計有台洋冷凍食品工業（股）公司及筌聖老家食品有限公司等2家製造廠，及冠緯農產品有限公司、廣業食品有限公司、高雄市梓官區農會等3家販售業，查核其是否使用基因改造食品原料及來源、含基因改造食品原料及成品標示是否符合規範、食品添加物使用之合法性等符合性稽核，並抽驗原料進行相關檢驗。
依據「食品安全衛生管理法」第21條第2項規定，食品所含之基因改造食品原料非經中央主管機關風險評估審查並查驗登記發給許可文件，不得供作食品原料，另衛生局提醒，食品製造業者須依規定建立基改食品原料供應來源及流向之追蹤追溯系統並善盡自主把關責任，市售食品及食品添加物（含基因改造原料食品）應依食安法第22條、第24條或第25條規定事項標示，如經查獲產品未依規定標示，依食品安全衛生管理法第47條規定，處新臺幣3萬至300萬元罰鍰；如標示有不實、誇張或易生誤解等違反同法第28條規定之情形，依據同法第45條第1項規定，處新臺幣4萬元以上400萬元以下罰鍰。