除了免稅店菸品加徵健康捐的相關條文外，《菸害防制法》修法草案本將夜店、酒吧、雪茄館等場所列為禁菸場所，但因這類晚上9時後營業且18歲以上才能進入的營業場所較特殊，業者群起反彈，因此相關規定將修改成限制夜店、酒吧、夜店、雪茄館等場所設置室內吸菸室，消費者仍可在該類場所的室內吸菸室吸菸，不過非吸菸室的其他地點仍為禁菸場所。
另外，《菸害防制法》修法草案中，本規定菸商須將菸盒包裝改採單一顏色字體、素面包裝設計，但因相關規定恐違反廠商商標權、技術性貿易障礙協定。且先實施此制度的澳洲，正面臨來自菸商的相關爭訟，國際上針對菸盒包裝改採單一顏色字體、素面包裝設計的相關議題仍在討論中，因此相關條文也從《菸害防制法》修法草案中刪除。