不過，在方濟各訪問艾資哈爾之際，這間擁有全世界最古老大學之一的清真寺正遭到埃及國內批評人士的抨擊。他們指稱，這間遜尼派(Sunni)機構本身已經成為問題的一部分。
自從埃及總統塞西(Abdel Fattah al-Sisi)展開宗教改革運動以來，艾資哈爾清真寺就站在政治與宗教衝突的核心。
曾是軍方將領的塞西在2013年推翻屬伊斯蘭主義者的前總統，並認為伊斯蘭極端份子不曾在神學領域受到適當挑戰。
根據與塞西會晤的外國代表團1名成員表示，「他認為極端主義思想已經徹底滲透穆斯林社會，它們在潛伏狀態。」但是可能掀起「一波毀滅性浪潮。」
艾資哈爾清真寺與該寺的大伊瑪目(Imam)塔伊布(Ahmed al-Tayeb)曾經小心翼翼的為塞西呼籲的宗教改革背書。伊瑪目是伊斯蘭教宗教領袖或學者的尊稱。
備受尊崇的艾資哈爾清真寺擁有將近1,000年的歷史，在埃及設有一所大學以及多間學校，前來研習宗教的國際學生有數千人，其中最遠來自中國。他們回國後可以成為穆斯林神職人員。
屬於傳統遜尼派重要堡壘的艾資哈爾清真寺的神職人員，無法接受聖戰份子的神學觀念。在沙烏地阿拉伯居主流地位的純粹派薩拉菲主義(Salafism)對聖戰份子有激發作用。