外交部報告指出，推動新南向政策現階段所面臨的挑戰中，無可諱言，中國大陸因素仍為首要挑戰。新南向目標國與中華民國均無正式邦交，不免依據自身對國家利益的考量，將中國大陸的態度和立場列入決策過程，部分國家有時甚至自我限縮與中華民國的交流。
外交部報告也表示，其他挑戰包括外交資源逐年遞減、美國總統川普對亞太區域情勢帶來重大影響等，如美國退出TPP、在政治及軍事上採行「單邊主義」，因此台灣更應強化與新南向目標國的雙邊關係，以因應新的區域情勢。
另外，在新南向政策的推動成果方面，外交部報告表示，目前已逐漸顯現具體成果，包括新南向目標國旅客來台人數大幅增加、政府及國會交流互訪頻率提升、加強與各夥伴國進行人才交流、智庫連結及簽署協定等各項交流合作等。