衛生局澄清指出，盧崑福指衛生局發言人回答媒體：「該員於局內表現一切正常，尤其是在偽藥稽查部份也都有跟檢調積極合作。」衛生局的高官們都聽不到也看不到？其實，衛生局發言人於受訪時僅就王員平日工作情形就事實予以描述，並非包庇說法。衛生局於106年3月31日地檢署發布王員的調查結果後，第一時間除表示遺憾外，也於該員被收押後即依法予以停職，並積極配合地檢署調查中，針對議員所提市政府縱容養出傲慢肆無忌憚的官，心中只有廠商的利益等指控絕非事實。
衛生局表示，近年來食安事件層出不窮，為保障民眾食的安全，台南市政府於102年即成立食品安全聯合稽查小組、103年初即與台南地檢署、轄內各司法警察機關組成食藥品安全聯合查緝平台，平日合作無間，共同維護食品安全及打擊犯罪。並於105年1月公布台南市食品安全自治條例，每年依法稽查及抽驗數達萬餘家(件)，不合格者依行政程序法調查後依法處分，絕無盧崑福所指袒護廠商之情事。衛生局在現有的法令架構之下應為、能為、該為的都已經做到了，絕無盧崑福所指摘之事。
另有關北海油脂案，衛生局為徹底阻斷問題油品，於 103年9月25日主動前往稽查，並要求停止販售及封存所有油品，惟因相關上游來源及下游去向資料不明，爰將全案主動移請台南地檢署偵辦。地檢署在偵辦過程中聲押北海及協慶公司負責人，衛生局亦配合地檢署協助釐清相關事實，偵辦期間因無任何下游廠商資料，故衛生局無從執行下架。並無盧崑福所指包庇廠商罔顧市民權益之情事發生。