爆炸發生在地鐵行經「先納亞廣場站」（Sennaya Ploschad）和「技術學院站」（Technologichesky Institut-1）中間。
隨後在「起義廣場站」（Ploschad Vosstaniya）也發現一枚未爆彈，所幸很快就被移除，並未造成傷亡。俄國執法單位對媒體表示，這枚爆炸裝置製造方式非常原始。
根據俄國媒體「報紙」（Gazeta.ru）的報導，聖彼得堡市政府對地鐵系統的維安經費向來大方。會定期撥出經費採購X光機、金屬探測門、監視器等設備，供聖彼得堡地鐵系統防恐之用。
而俄羅斯公布國家採購資訊的官網也顯示，2015年6月聖彼得堡交通委員會就提撥了9500萬盧布在15個地鐵站入口裝設X光全身掃描儀，其中一站就是此次發生爆炸的「技術學院站」。隨後7月又花了5900萬盧布為67個地鐵站入口購置金屬探測門，「先納亞廣場站」和「技術學院站」便是其中兩站。
從2011年至2016年，聖彼得堡政府至少花了20億盧布在地鐵設置不同的安檢系統。
提供保全設備的公司位在莫斯科，與許多俄羅斯國營企業皆為其客戶，其中包括莫斯科地鐵、俄羅斯鐵路（RZhD）、俄羅斯郵政等。
這家保全設備公司負責人巴索夫（Dmitriy Basov）向媒體表示，所有安檢設備都相當可靠，「不明白恐怖份子如何攜帶炸彈通過安檢門」。
巴索夫強調，他們是專業的供應商，他認為主要原因應該是地鐵方面縮減監看安檢門的人員編制，每班從5個人，變成只剩下1至2人在安檢門，導致對人潮反應不及。
俄國官方已將此次事件定調為恐攻，並宣稱涉嫌爆炸案的恐怖分子與在俄國境內活動，與激進伊斯蘭組織有聯繫。
案發當時，俄總統蒲亭在聖彼得堡附近，與白俄羅斯領袖魯卡申柯（Alexander Lukashenko）會晤。蒲亭已前往現場獻花致哀。聖彼得堡市政府也宣布全市哀悼3天。