環保署指出，整治費現行繳費方式是由申報業者每季填寫申報明細並試算應繳金額，至銀行填寫匯款單匯入「土壤及地下水污染整治基金代收401專戶」，環保署新增1個繳費帳戶「土壤及地下水污染整治基金代收406專戶」，業者可每季線上試算並列印繳費單，然後至連鎖便利商店繳費，或者透過ATM、網路ATM、網路銀行及銀行臨櫃匯款等多元繳費方式匯入406專戶，藉此提高業者繳費的便利性。
環保署強調，9月30日前將繳費方式將採雙軌制，整治費申報業者可透過原有繳費方式匯入401專戶或利用新增的便利商店、ATM、網路ATM、網路銀行及銀行臨櫃匯款等多元繳費方式匯入406專戶。但10月1日起，則統一匯入406專戶。有關繳費方式的資訊將公布於「土壤及地下水污染整治費網路申報及查詢系統」，業者可善加利用。