司改國是會議第三分組22日討論「環境案件之偵查與訴訟程序之檢討」，最後針對環境法制、組織及民眾參與3個層面提出多項改革建議結論。
在環境法制部分，包括建議建立刑法環境犯罪專章、建構行政管制到刑事追訴一致的規範體系、建立環境案件的連帶賠償責任並加長求償時效、擴大沒收標的、提高罰鍰上下限、調整舉證責任、檢討勘查採樣鑑定的規定或標準，以及將環境犯罪不法利得沒收沒入或罰鍰所得專款專用，作為環境稽查偵查相關基金等。
在組織部分，建議增加環境稽查及偵查資源、提高偵查環境案件的積分、加強檢察官及行政機關與司法機關的聯繫、法院設置環境專股、以及建立制度賦予檢察官得成立環境案件任務編組等。第三分組召集人瞿海源：『(原音)檢察組織法令增修相關條文，明定檢察官得以成立任務編組的法源，讓檢察官同時具有行政權限及司法偵查追訴權限，得指定所需之專業人力或主管機關稽查人員為司法警察協助偵查，這個讓檢察官有更大的權力去實際處理。』
在民眾參與部分，則建議健全「吹哨者機制」、公開環境數據資訊、持續深化現行環檢警民結盟機制。
法務部長邱太三會後也表示，過去在處理一些社會關注的環保案件時，因為法制面上有些欠缺，導致最後功虧一簣，所以要在法制面有所補充。他指出，「殺頭生意有人做、賠本生意沒人做」，最重要的是把經濟誘因阻斷。