台灣微菌聯盟指出，微菌是造成人類很多疾病的重要原因，肥胖、過敏、癌症、憂鬱、巴金森氏病、自閉症，原來都與微菌相關，也都可能藉由微菌重建（或稱為糞菌移植）治療。過去人類對於微菌的研究，多半集中於單一病原菌所導致的疾病，譬如大腸桿菌、結核菌、幽門螺旋桿菌….等等；但隨著大數據科技的發展，人類近幾年得以一次研究數以千萬計的微菌，也因此顛覆人類對於許多疾病的傳統想法。
為促進微菌相關產官學相關研究應用，台灣微菌聯盟應運而生，吳俊穎說，這次係結合各領域專家建立資訊、人才、技術的交流平台，建立台灣微菌研究跨領域、跨機構的合作團隊；希望藉由共享檢體、技術及資訊，建立台灣微菌研究資料庫；同時經由相關平台的努力，促進台灣微菌研究的世紀領導地位。
而聯盟成立之初，除了吳俊穎之外，「台灣消化系醫學會」理事長林肇堂、「台灣小腸醫學會」理事長邱正堂、「台灣胃腸神經與蠕動學會」理事長張繼森、「中華民國肥胖研究學會」理事長蕭敦仁、「台中榮民總醫院」院長許惠恆、台灣大學附設醫院研究副院長吳明賢及高雄市大同醫院副院長吳登強等等，都是「台灣微菌聯盟」的重要推手。
吳俊穎透露，聯盟的成員實力堅強，尤其獲得醫界跨領域的力挺。像是微菌臨床專家，就囊括中榮、台大、北榮、長庚、三總、馬偕、國泰、恩主公、中國附醫、中山醫大、慈濟、童醫院、成大、奇美、高醫大附醫、高榮、義大等醫學中心，各區域醫院及北中南許多重要診所，總計近百位重量級醫學臨床專家。
微菌研究人才方面，中研院、國衛院、台大、陽明、長庚、北醫、國防、輔大、馬偕、中興、中國、成大、高醫大、慈濟等研究機構的重要專才，也一次到位。
而微菌相關學會也沒缺席，台灣消化系醫學會、台灣小腸醫學會、中華民國肥胖研究學會、台灣胃腸神經與蠕動學會、中華民國糖尿病學會等相關學會，同樣大團結。
至於微菌相關廠商，如東生華製藥、微菌方舟、基龍米克斯、有勁生技、等藥廠、生物科技廠商及益生菌廠商，也都願意貢獻資源。
聯盟強調，隨著微菌研究的蓬勃發展，各國政府及許多學術單位、產業界，紛紛投入微菌相關研究；但微菌的研究需要很多人才、技術、資金及法規面的相關整合，希望今後透過「台灣微菌聯盟」平台的建立，讓更多的資源、資訊可以分享，也讓台灣的醫療生技研究繼續在國際的舞台上發光發熱。