陸委會表示，兩岸直航之後，衍生台灣民眾及公務員赴陸轉機需求，移民署在國境執法時，對於公務員赴陸轉機是否屬於「進入」中國大陸的行為，以及赴陸轉機是否必須申請許可產生疑義，所以函請陸委會做法規解釋。換句話說，陸委會不是主動去釐清這條條文的疑義。
陸委會重申，這次函釋僅就現行兩岸條例第9條條文適用疑義做出法規解釋，以利執法時標準明確一致，並無新增訂管理法規，且相關人員經許可或報准後，仍然可以赴陸轉機；原本兩岸條例第9條所規範的適用對象並未擴大，也不是對這些適用對象的禁止，或者是加強管制的措施，外界不要過度解讀。