法務部調查局草擬的「保防工作法」草案引發過去威權時期「人二」復辟、人權倒退等批評。
對此，法務部多次對外強調該法絕對不是「人二」復辟，法務部長邱太三15日與媒體茶敘時更一步表示，法務部所草擬的「保防法」是根據大法官釋字第535號解釋意旨，將保防工作法制化，從前端預防國家機密外洩，更加保障人權，他保證「人二」絕對不會復辟。邱太三說：『(原音)人二室會不會復辟？社會就是擔心這個，我們簡單說它是體制外一條鞭的，我們現在就是要把它納入體制內，讓它分權，軍中的國防部做，社會的內政部做，機關的法務部做，這種所謂非法、濫權的人二的傷痛、陰影，未來的機制絕對不可能讓它恢復。』
至於有媒體報導指出，邱太三因推動「保防法」而捲入民進黨英系與新系的鬥爭，邱太三也嚴正否認，強調報導「鬼扯」。
另外，針對前總統馬英九因涉教唆洩密案，遭台北地檢署起訴，邱太三受訪時沒有表示太多意見，僅說尊重司法。