內政部表示，執行長的任務在執行會務，依二二八基金會章程規定，是由董事長提名報請董事會同意後聘任，並無任期規定，現任執行長楊振隆由基金會依法選任。二二八基金會已於去年9月30日召開的董事會中，經現任董事長薛化元提名並經董事會同意聘任楊振隆為執行長，同時解任前執行長廖繼斌，程序均符合相關規定，內政部對於二二八基金會上述決定也表示尊重。
內政部指出，依行政院的規定，政府捐助的財團法人董事及執行長選派前須報行政院核定，且初任年齡不得逾62歲，任期屆滿前年滿65歲，應於3個月內更換之；但處理兩岸、國防或外交、貿易及科技事務的財團法人負責人或經理人，因有特殊原因或考量，報經行政院核准者，不在此限。內政部表示，基於二二八基金會法定職權包括二二八事件的教育推廣、文化、歷史或人權的國際交流活動，內政部過去曾專案報請行政院同意該職務不受年齡限制。