翁啟惠被控在擔任中研院長期間，涉嫌收受張念慈給予的300萬股（3000張股票），以當時股價一股新台幣31元換算，不法獲利新台幣9300萬元，並將中研院醣分子研究成果私相授受給浩鼎，暗中幫助研發乳癌新藥。
士林地檢署於1月9日偵結浩鼎案，依違反證券交易法的內線交易罪，起訴浩鼎董事長張念慈、總經理兼發言人黃秀美、副董事長許友恭、研發長游丞德、前醫學處處長廖宗志；另依貪污治罪條例的期約、收受賄賂等罪嫌，起訴翁啟惠及張念慈。
士院今天開庭，調查翁啟惠與浩鼎董事長張念慈，是否有境管必要；合議庭諭知候核辦。
翁啟惠受訪時說，這件事情對他造成很大的傷害，但相信法官能非常公正的審理，會為了自己的名譽、台灣及中研院的聲譽奮戰到底。
「我的初衷沒變」，翁啟惠也說，自己在美國發展30幾年，有美國籍、在那置產，也有更好的就業機會，但他選擇放棄這一塊回台，就是希望用專業幫助台灣生技產業發展。
翁啟惠指出，自己不可能逃亡到海外，「我捍衛自己的清白都來不及了，怎麼會逃亡」，而且全世界的學術圈都知道他，逃亡等於是自殺的行為，讓他在全世界幾乎沒辦法容身，所以沒有這種（逃亡）念頭。