司法改革國是會議籌備委員會已從第一階段意見徵集所徵得的上千則意見中，歸納出20類主要議題，將供20日展開的分組會議討論。
根據籌委會官網公布的資料，這20類議題包括「保護犯罪被害人」、「保護弱勢族群在司法中的處境」、「減低冤案發生與強化救濟機制」、「建構人權、效能、透明的大法官解釋程序」、「司法政策權歸屬」、「建構人權、效能、精實的法院組織與程序」、「建構專業的法院/法庭」、「法律人的養成、考選、專業訓練」、「提升檢察系統的透明與效能」、「檢討法官、檢察官的監督與問責」、「律師的專業化與職業倫理」、「檢討檢、警、調人員的專業分工」，以及「人民參與司法」、「公開透明的司法」、「親近人民的司法」、「獄政制度改革」、「毒品政策檢討」、「有效打擊犯罪」、「犯罪預防與管理」、「司法科學、鑑定機制與專家證人」。
根據第三次籌委會的決議，這20類議題經討論後，全體分組成員無異議者，將列為「共同意見」；經全體分組成員過半同意者，列為「多數意見」；以上兩者皆列為「獲致結論」。總結會議基本上會尊重分組會議討論的結果。司法改革國是會議籌備委員會副執行秘書林峯正：『(原音)依照我們的議事規則，如果有一半以上的委員要表達對於分組會議結論不同意見或要加註或補充的話，我們會再另做處理，所以原則上我們會尊重分組會議的討論結果，例外狀況我們才會做不同的處理。』
會中也決議，分組會議將全程錄影，並於會議結束後儘速公布上網，會議逐字紀錄則最遲在3日內公布上網。