消息來源表示，以川普的國安顧問佛林(Michael Flynn)為首的派系希望，將穆斯林兄弟會納入國務院以及財政部的國外恐怖組織名單。
1名川普交接顧問表示，「我知道這已經被討論過了。我是支持它的。」該顧問由於事涉敏感而不願具名。
這名顧問指出，佛林團隊討論了將穆兄會列入美國的恐怖組織名單。但他也表示，最後仍不確定政府何時、或者最終是否會採取這項舉措。
根據部分官員以及接近川普隨員的人士表示，川普的其他顧問，以及許多資深國安、外交、執法與情報官員則提出，穆兄會已經在部分國家以和平方式發展。
這些人擔憂，美國將全體穆兄會列入恐怖組織的舉動，將使得美國與土耳其的關係更形複雜。土耳其是與美國一起對抗伊斯蘭國(Islamic State)的重要盟友，正由擁有伊斯蘭主義根源、主導土耳其總統艾爾段(Recep Tayyip Erdogan)政府的正義發展黨(AKP)執政。突尼西亞的伊斯蘭復興運動黨(Islamist Ennahda)也已經參與了民主選舉。
穆斯林兄弟會是埃及最古老的伊斯蘭主義運動，2013年在埃及被列入恐怖組織。