媒體報導， 107年度的科技預算概算，目標希望成長3%，約1110億元。
外界關切， 107年度科技預算僅成長3%是否足夠？吳明機表示，每個單位都會嫌預算不夠，而科技預算以科技部、經濟部分配最多，其中又以科技部占最大宗。
吳明機指出，經濟部角度來看，經濟部使用科技預算效率相當高，可創造產業界相對應投資，希望爭取愈多愈好。
吳明機表示，由於政府正推動「5＋2」產業政策，主要強調產業創新，經濟部希望爭取更多預算，為產業創新轉型提供更多資源。
不過吳明機透露，目前政府內部也在強調跨部會整合，將來科技預算使用不會特別強調哪個部會，希望經濟部、科技部、教育部等單位能進行跨部會結合，讓預算使用效率更高。
吳明機指出，由於目前研發投入以民間占7成5最大宗，遠高於政府投入，他希望經濟部若爭取到更多預算，能直接刺激更多企業相對應投資。