鄭麗君表示，她擔任立委期間，即對前政府提出「大南海計畫」內容有諸多疑慮，並曾於103年底提案凍結相關預算。就任文化部長後，更立即指示將「大南海計畫」全面檢討。鄭部長強調：「未來不會有『大南海計畫』，自然不會如媒體報導，有侵入植物園、破壞生態等環境浩劫！」
文化部指出，行政院於104年核定國立歷史博物館提出之原「大南海計畫」，是 104至109年之初期計畫，104年至105年執行之內容包括1.整體規劃和空間發展計畫、2. 園區識別系統規劃、3. 歷史博物館、欽差行台和日式宿舍修復再利用調查研究計畫。以上均為初步規劃，亦僅限於植物園區文化資產維修，既未觸及植物園主體，更未有「其中還要把植物園點亮改成賣場，創造文創商機」之情事。
鄭部長說，去年520上任後，聽取史博館報告後，即指示修訂計畫，經過過去半年審慎檢討評估後，將循程序提報修正「大南海計畫」，修正後的計畫，將融入「首都博物館群計畫」，以文化資產維護、原博物館機能提升、臺北歷史核心區文化資源共享為概念。鄭部長再次強調，未來不會有破壞生態之「大南海計畫」。