鄭麗君表示，她擔任立法委員期間，即對前政府提出「大南海計畫」內容有諸多疑慮，並曾於(民國)103年底領銜提案凍結相關預算。就任文化部長後，更立即指示將「大南海計畫」全面檢討。鄭麗君強調，未來不會有「大南海計畫」，自然不會如媒體報導，有侵入植物園、破壞生態等環境浩劫！
文化部指出，行政院於104年核定國立歷史博物館提出之原「大南海計畫」，是104至109年之初期計畫，104年至105年執行之內容包括整體規劃和空間發展計畫、園區識別系統規劃、歷史博物館、欽差行台和日式宿舍修復再利用調查研究計畫。以上都只是初步規劃，也僅限於植物園區文化資產維修，既未觸及植物園主體，更未有「其中還要把植物園點亮改成賣場，創造文創商機」一事。
鄭麗君說，去年520上任後，聽取史博館報告後，即指示修訂計畫，經過過去半年審慎檢討評估後，將循程序提報修正前政府所核定之「大南海計畫」，修正後的計畫，將融入「首都博物館群計畫」，以文化資產維護、原博物館機能提升、台北歷史核心區文化資源共享為概念。鄭麗君再次強調，未來不會有破壞生態之「大南海計畫」，盼外界不要以訛傳訛！