翁啟惠出生於嘉義縣義竹鄉望族，家中歷代人才輩出，翁家古厝甚至已成為當地景點。在這樣書香世家中長大，翁啟惠的求學歷程並不如外界想像順遂，一直到30多歲，才到美國麻省理工學院攻讀博士。
翁啟惠在美國逐漸嶄露頭角，尤其在有機化學及醣分子科學，改變了大眾對醣分子的認識。翁啟惠跟媒體談及這段扶搖直上的歷程，歸功於41歲獲得美國斯克里普斯研究所（TSRI）講座，因此可全力投入研究，不必像多數年輕學者忙著四處籌措經費、申請研究案。因此他返國後也積極儲備類似講座，為台灣年輕科學家創造研究環境。
翁啟惠在美國發展20多年，2003年返台接掌中研院基因體中心，2006年從前院長李遠哲手中接下中研院長職務。他曾說，放棄美國工作回台，薪水少了不只一半，技轉合作的機會成本損失，更是難以估算。但是為了扶植故鄉的學術發展和生技產業，他從不後悔，即便近來身陷浩鼎風暴，仍不斷強調自己未改初衷。
中研院長任內，翁啟惠主要承襲其美國經驗，致力產學合作。他號召國內多位企業家捐助，成立獎金高達新台幣2500萬元的TBF講座；潤泰集團總裁尹衍樑成立「唐獎」，也透過翁啟惠的關係，委託中研院評選。
但也因此，翁啟惠遭攻擊和業界走太近，成為其致命傷。他和中研院最初幾位文史哲出身的院長，有著截然不同的作風。曾有立委質詢，指蔡元培去世時「身無長物」，胡適也只剩下幾百美元積蓄，以此對照翁啟惠遭外界質疑的豐厚身家。
翁啟惠在院長任內，說服政府通過生技新藥產業法令，允許研究人員技轉後取得股權，增加學術研究的誘因，卻也因此與社會認知的「高風亮節」的知識份子形象漸行漸遠。
去年年初，運用翁啟惠醣分子技術生產的浩鼎乳癌疫苗試驗解盲，但數據未達統計學上的顯著意義。不過，翁啟惠出面緩頰，這跟試驗設計有關，就疫苗角度來看，逾8成病人有免疫反應，成效良好，引發外界強烈質疑翁啟惠護航浩鼎。
雖然，翁啟惠強調絕無浩鼎股票，但根據浩鼎民國104年3月公開說明書，翁啟惠女兒翁郁琇名列浩鼎第10大股東，持有1933張，重創翁啟惠信譽與聲望。
翁啟惠雖稍後發表聲明，向社會大眾道歉，並解釋女兒翁郁琇是心痛阿姨（翁啟惠夫人胞姐）因乳癌去世，才以父母贈與所得與積蓄，認購浩鼎股票。
不過，翁啟惠迴避大眾質疑滯美不歸，遭到總統府出面喊話，希望翁啟惠儘快返國說明。立法院教育及文化委員會更通過提案，最嚴厲譴責翁啟惠藐視國會，規避監督行徑，翁啟惠請辭中研院長已無法避免。
翁啟惠雖在去年5月請辭中研院長，但檢方早已發動調查，並將翁啟惠、浩鼎董事長張念慈列貪污罪被告，翁啟惠終不敵內線交易疑雲糾葛。檢方今天起訴翁啟惠，並批評翁啟惠當時是國家最高學術機關中研院的院長，卻不思國家、人民所託，所為敗壞國家官箴，因此建請法官量處適當之刑。
浩鼎案重創翁啟惠學者形象，曾經是「最接近諾貝爾獎」的台灣人，如今，或許一座學術上的諾貝爾獎，可能都很難助翁啟惠掙脫內線交易的困境。