機場捷運在2006年2月27日開工，合約工期只有5年，最早原訂2010年2月26日完工，之後經過6次延宕，除了最初物價上漲，土建招標不順利外，高鐵局認定主要原因是機電主承包商丸紅與下包商的爭議，及電纜曾發生龜裂全部抽換。
高鐵局說，機電系統由日商丸紅、川崎與日立合承攬，高鐵局與丸紅簽下統包合約，決標價約新台幣254億9000萬元，根據合約，工期延誤的罰款，每天按工程費萬分之5計算，罰金最高上限約25億元，因工程嚴重延誤，即使扣除不可歸責丸紅的因素，罰款也早已達上限。
根據機捷合約，逾期完工罰款的檢核點為通車日期，高鐵局即使早想罰丸紅，也只能依照合約規定，等通車後再處理。
高鐵局說，目前高鐵局手中還握有約30億元工程款，不擔心罰款問題。
因桃園大眾捷運公司及桃捷股東之一的新北市政府，都曾因機捷進度大幅落後，分別向中央求償4億多元與2億多元，甚至部分土建包商也認為受害，向高鐵局求償，高鐵局將蒐集具體事證，轉向丸紅求償。
不過，丸紅公司曾以高鐵局多次變更設計為由，向交通部求償129億元，高鐵局已有心裡準備，有關延誤工期罰款及求償部分，雙方未來可能得在法庭上交戰。
另高鐵局曾因丸紅必須自行設計的號誌系統，違約轉包給英商英維思公司，扣住部分履約保證金約19億多元，公共工程委員會也認定丸紅違約，丸紅提起行政訴訟但敗訴，丸紅再向最高行政法院上訴，目前還未做出最後裁定。