有媒體報導指出，目前仍在執行愛國者2型飛彈性能提升及採購愛國者3型飛彈的國防部防空飛彈指揮部傳出將於今年3月再度移編回空軍轄下，單獨成立空軍防空飛彈指揮部，這將是新政府執政以來的重大移編；且國軍凍結多時的「勇固案」，似乎也有啟動的跡象。
對此，國防部發言人陳中吉2日表示，相關組織調整，仍在研議當中，還未定案。陳中吉說：『(原音)其實我們現在正在研議當中，未來評估的方向包含依照敵情的威脅、作戰的需求、另外還有指揮管制等相關要素來審慎評估，但必須強調這跟勇固案毫無關係。』
至於媒體報導，國防部前部長嚴明曾擬定「勇固案」，將直屬的飛彈指揮部併編回空軍，但「勇固案」遭立法院擱置後，飛彈指揮部的併編案也連同遭到擱置，如今將在蔡英文總統任內付諸施行。不過，陳中吉對此表示，媒體報導內容純屬臆測，國防部不予評論。