黨產會9月發出兩道命令，分別是凍結國民黨永豐銀行帳戶以及台灣銀行9張支票，國民黨馬上提起訴訟並要求撤銷及暫緩執行，雖然台北高等行政法院判決勝訴，但黨產會接續提出抗告，最高行政法院則在15日裁定駁回。
針對相關判決，司法及法制委員會、民進黨籍立委蔡易餘表示，黨產會早對第一道命令認為是沒有拘束力的「行政告知」而非正式的「行政處分」，所以對最高行政法院的駁回結果，他並不會感到意外，不過，蔡易餘也說，這顯示法官對國民黨有脫產嫌疑的認定標準太過寬鬆。蔡易餘說：『(原音)告知可能就沒有發生凍結的效果，所以我想關鍵還是在第二次黨產會以行政處分國民黨在銀行的黨產，關鍵還是在第二道。』
國民黨團副書記長李彥秀則表示，最高行政法院的判決，正好證明黨產會的處分是程序不正義，她支持黨產會用合法程序處理國民黨黨產，這樣未來國民黨就不會有包袱，呼籲黨產會依法行政，不要因此失去行政機關的公信力。李彥秀說：『(原音)終於還給國民黨一個清白，國民黨像啞巴吃黃蓮，就是被黨產會踩著走，處理程序不正義跟條例制定過程是有違憲，只會讓國民黨員或其他人會對黨產會的處分跟討論有愈多問號，就是說這黨產會只會失去大家對她的信賴。』
由於國民黨籍的內政委員會召委陳超明，將在21日邀請黨產會專案報告，如今最高行政法院的駁回判決，可能會增加委員會朝野攻防的緊張氣氛。