民進黨籍立法委員林淑芬在社群網站臉書（facebook）貼文表示，黨團會議決議，勞基法修法只能支持黨團版本，不能違反黨團決議，違反者一律依黨紀從嚴處分。
不過，吳秉叡受訪表示，黨團有一致意見時，大家就是要支持黨團決議，否則決議有什麼效力？違反的人就依黨團規定處理，「沒有特別針對誰」。
他說，如果林淑芬不依黨團決議走，自然就依黨團本來的規定處理，沒有從嚴處分問題。
至於「規定」是否就代表黨紀，吳秉叡未進一步說明。
民進黨團提出勞基法部分條文修正草案修正動議，勞工在同一雇主或事業單位，繼續工作滿一定期間者，應依下列給特別休假，6個月以上1年未滿者，3日；1年以上2年未滿者，7日；2年以上3年未滿者，10日；3年以上5年未滿者，每年14日；5年以上10年未滿者，每年15日；10年以上者每一年加給1日，加到30日為止。
草案規定，特休假日由勞工排定，但雇主基於企業經營上的急迫需求或勞工因個人因素，得與他方協商調整。勞工特休假，因年度終結或契約終止而未休日數，雇主應發給工資。以上規定自民國106年1月1日施行。