農委會表示，該會與臺北市政府就臺北農產運銷公司經營管理及監督的議題合作理念與方向不變，農委會全力支持臺北市政府以地方主管機關身份，對臺北農產運銷公司所採取的作為。另外，對於柯市長表示將拜訪農委會討論後續處理，農委會歡迎臺北市政府共同討論，朝保障農民與消費者優先方向共謀妥善解決方案。
農委會強調，依據農產品市場交易法第12條規定：「農產品批發市場為公用事業，其設立及業務項目，由各級主管機關規劃，並得編列預算予以補助。」，該條第2項也規定：「前項地方主管機關之規劃，應報請中央主管機關核定。」由此可知，臺北農產運銷公司依法負有保障農民收益、保障消費者權益及穩定物價的功能，其業務的執行必須落實貨品分級與拍賣資訊透明，目前農產公司在制度面改革、拍賣流程革新及配合政府政策推動農產品安全標章方面仍有改善空間，農委會身為批發市場的中央主管機關，將依法定職權扮演好監督角色。