對於舊金山中華總會館撤旗案，目前狀況是原告打贏官司，重掛青天白日滿地紅旗卻受阻。
吳敦義接受中央社記者訪問時指出，他了解中華總會館成員多年來已經有了很大改變，以來自中國大陸的成員居多，親共力量漸大。
僑務委員會日前表示，撤中華民國國旗案將不再主動訴訟，因親共力量漸大，考慮改支持其它友我協會，但民進黨立委陳亭妃表示這根本是「不戰而敗」。
對此，吳敦義認為，如果民進黨政府的僑委會覺得打官司只是拖延時間，耗費金錢，而最後扭轉中華會館表決結果也不樂觀的話，似乎還有其他方法。
他指出，為了能繼續支持中華民國及維護自由民主聲音在舊金山的一定能量，當地重要僑領正在籌組一個中華傳統文化協會，地點可能設在國父紀念館，希望繼續服務僑界。
吳敦義認為，這也不失為一個合乎理性也面對現實的做法。