由財團法人臺南市孔廟文化基金會所舉辦的祭孔大典，三百多年來始終維持傳統，每年固定舉辦春、秋二次祭典，尤以每年國曆9月28日在孔廟舉行之秋祭更是隆重。為推廣至聖先師孔子有教無類的辦學精神，今年的「2016年孔廟文化節」市府文化局也安排精采多元的系列活動，包括主題講座、書院進士與名人故居走讀活動、文殿巡禮、請孔子回家拓碑DIY、六藝之射御體驗、「藝」起～讓世界看見臺灣之美《2016臺日共創藝術文化交流》等，皆以孔廟為核心據點，突顯出全臺首學孔廟在我國文化資產上的重要意義。
文化研究科表示，古代兒童入學堂時，先向孔子像禮拜、再向教師行拜師禮，接著由教師以硃砂筆點斷句讀，開始授課，稱為「開筆」；孔廟旁的忠義國小將此古禮融入為該校的鄉土特色課程，相當有意義。近年孔廟文化節每年為小一新生「點硃砂啟智慧」的活動，自2011年推出後每年都獲得熱烈迴響，新生家長趨之若鶩，蔚為在地新風。為深化其內涵、連結孔廟歷史文化，今年市府更將首度循古禮舉辦「啟蒙大典－硃砂啟智」儀式。為使活動準備更加完善、符合家長及新生期待，原定9/24舉辦的點硃砂活動，將改定於10/2(日)10:40～12:00舉行，由身兼財團法人臺南市孔廟文化基金會董事長的賴清德市長親自為甫入小學一年級的學童點硃砂、開智慧。本活動採預先報名，限額100名目前已額滿。
為推廣孔廟有、無形重要文化資產，文化局今年依舊設計有多款紀念品贈送參加民眾：凡報名參加「2016年孔廟文化節」相關系列活動者，可獲鉛筆乙份；報名參加「大成聖祭導覽」者，可獲藏書票乙份。此外臺南孔廟於9月24、25、28日等3天也設有臨時郵局，為公眾蓋戳留念。3場臨時郵局時間分別為：9月24及25日上午10時至下午4時、9月28日上午6時至上午12時。