台南市衛生局最新登革熱病媒蚊密度指數調查是9月11日至17日，正是莫蘭蒂颱風襲台時，也是低壓帶對流胞豪雨過後。
衛生局調查顯示，密度指數4級是北區大道里，3級分別是南區的大成里、鯤鯓里、永康區埔園里、麻豆區總榮里。
密度指數2級的有8個里，分別是東區裕聖里、中西區萬昌里、北區重興里、安平區億載里、永康區大灣里、永康里、建國里及復華里。
密度指數1級的有9個里，分別是東區文聖里、東光里、南區田寮里、中西區永福里、安平區怡平里、安南區安和里、永康區五王里、楠西區灣丘里、仁德區保安里。
台南市今年入夏以來已出現2例本土性登革熱病例，第2例9月18日確診，感染者的工作地及居住地都已插上警戒紅旗。