多位民進黨立委質疑最高法院檢察署特別偵察組的成立並無實際功能，反淪為政治工具，有違檢察官執行職務管轄，因而提案廢除特偵組，立法院司法法制委員會21日排案審查攸關特偵組存廢的「法院組織法修正草案」。
法務部長邱太三在報告中指出，特偵組設於最高檢，不起訴處分或緩起訴處分案件，無法聲請再議屢遭質疑，且特偵組直屬檢察總長，無上級檢察機關可對其案件進行管考，與法務部及高檢署所建構的案件稽催管考制度脫勾，因此，法務部認為特偵組退場後，不但解決檢察組織疊床架屋，也使我國刑事訴訟程序運作得以回歸常軌。
邱太三在接受國民黨立委林德福質詢時也說，廢特偵組是為了建立正常的刑事訴訟程序，有助於推動司法改革。他說：『(原音)建立正常的刑事訴訟法制是我們在司法改革很重要的一環，在過去很多沸沸揚揚的爭議，確實是應該來做釐清。』
檢察總長顏大和答詢時則表示，特偵組短期內不宜廢，但是長期存廢問題，他沒有特別意見，尊重立法院及法務部長官的意見，這個立場從未改變。顏大和強調，社會對特偵組的意見他概括承受，但特偵組沒有濫權，廢除與否，也沒有所謂選擇性辦案。