兆豐紐約分行因違反洗錢申報規定遭美國重罰1.8億美元，但現在又傳出兆豐銀紐約分行和巴拿馬分行的信用交易金額是4.91億美元，但向美國紐約州金融服務署申報時，誤繕成44.91億，涉洗錢一事恐是個大烏龍。有媒體人質疑，調查局在整起兆豐案的調查過程中被「當賊防」，未參與兆豐案的調查。
對此，法務部長邱太三21日在立法院司法法制委員會受訪時表示，兆豐案發生時，高檢署就立即成立專案小組，並指示台北地檢署蒐集各方資料、傳訊相關人員，包含調查局的洗錢防制處等也都有參與並積極偵辦。邱太三還透露，調查局還對外私下與他國合作，但還不宜公布。他說：『(原音)裡面的成員除了主要的台北地檢署以外、金管會、調查局的洗錢防制中心、台北地檢署也指示台北市調處也在做這樣的協助，調查局還有其他有私下進行，但礙於跟其他國家合作，在沒有進度前不宜對外公布。』
邱太三並說，檢察機關蒐集到的資料必須過濾、篩選，這起案件的資料多半是英文、西班牙文，相關人或公司都在國外，必須慢慢釐清。