由於9月2日的強降雨造成鹽埕等沿海低窪地區嚴重積水，陳菊特地前往鹽埕區新樂抽水站及甫完工的三民區本安滯洪池視察防汛整備情形，並聽取水利局對於該地區的整體排水改善計畫。陳菊表示，這次颱風遇到滿潮，愛河水位高漲，她責成水利局加強監控警戒，也請民眾嚴防海水倒灌，尤其是鹽埕、永安、彌陀、茄萣等低漥沿海地區更應小心防範；剛完工的本安滯洪池這幾次豪雨、颱風有發揮功能，上午11時過後風雨逐漸擴大，呼籲市民朋友做好防颱準備，如無必要減少外出，希望大家都能平安。
水利局長蔡長展表示，鹽埕區以抽水站區分為七賢、新樂、大義及南北大溝等四個集水區，其中七賢抽水站已經完成功能提升，將抽水量由原本的5cms提升為7cms，而新樂、大義及南北大溝抽水站，已編列3,865萬元經費進行設備更新及功能提升，將陸續於今年及106年完成。另外，由於鼓山二路37巷的山區高逕流排入鹽埕區匯入七賢集水區，增加七賢站抽水站抽排水負荷，市府也在評估高地分流方案，以高水頭差特性，將山區逕流專管排入愛河。為了因應莫蘭蒂颱風帶來的雨量，水利局已經在12日於七賢站架設移動式12英吋及10英吋抽水機各1台，機組已完成整備待命，希望將積水可能降到最低。
隨後陳菊轉往今年甫完工的三民區本安滯洪池視察。102年714蘇力颱風造成高速公路下方平面道路皓東路口積淹水，經立委李昆澤極力爭取營建署綜合流域治理計畫補助而設置本安滯洪池，已解決皓東路高速公路東側、黃興路等一帶積水問題，105年05月完工，6月11日的豪雨即發揮功能，當日滯洪量約為3000立方公尺，減緩該地區的淹水問題。
另外，副市長許立明前往小港鳳林抽水站及林園西溪抽水站，視察海堤週邊的防汛狀況，並提醒沿海居民應小心防範海水倒灌；副市長史哲則前往梓官嘉展抽水站及永安戰車壕溝抽水站視察，以了解沿海魚塭地區的防汛準備情形。